海水淡化设备过量便会伤害到大自然，浓盐水的处置方法有很多种。排入地表水系统和排入海洋这两种方法均只能适量而行。所以一般不建议这种方法。引入蒸发池，这对蒸发池的建造和选址的要求比较严格，因为一旦不合理，会造成污水溢出，水体污染，一般适用于温暖干燥气候、土地费用低的国家。排入污水系统，把浓盐水排入乡村污水处置厂一起处理，不适合大规模处置，排放的利息会增加，比较适合中小型污水处置厂。
这样就形成了淡水室和浓水室。直流电的作用之下，海水淡化设备中EDI模块将树脂夹在阴阳离子膜中间就形成了EDI单元。EDI模块把一定的数量的EDI单元用隔板给隔开来。流过淡水室的阴阳离子分别流过阴阳离子膜到浓水室在淡水室当中去除了流过浓水室的水把离子带出系统，成为浓水。EDI设备一般是以二级反渗透纯水来给EDI给水。纯水电阻率大多数在40-2μS/cmEDI纯水电阻率能够达到18MΩ.cm但是依据去离子水的用途而配置，EDI超纯水适用于电阻率在1-18.2MΩ.cm范围的纯水。
海水淡化设备废弃物一旦处置不当，不论是什么产业都会有废弃物产出。往往会给环境带来污染。海水淡化发生的浓盐水便是如此。海水淡化浓盐水(以下简称浓盐水)盐分含量，还掺杂着淡化过程中加入的化学物质，既不可直接利用，也不可随意排放。如若把浓盐水排放进海洋和地下水，只要逾越海洋和地下水的净化能力，就会造成严重的水质污染，本就淡水资源短缺，若连海洋也被造成这般不可挽回的局面，后果可想而知。
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